A belső felújítási, festési munkálatok kiterjednek az átázott vakolatrészek szárítóvakolattal történő cseréjére, és a templombelső falazatának teljes festési munkálatainak elvégzésére, és a padok faszerkezetű aljzatának cserjére.
Az Egyházközség és a templom története:
Az Egyházközség az Árpád-kortól egészen a török hódoltság végéig a veszprémi püspökséghez, azon belül a budai főespereséghez tartozott.
1408-ban Zsigmond király Garai Miklós nádornak adományozta possessio Bayt, amelyet unokája, Garai Jób 1461 december havában a budai Nagyboldogasszony (Mátyás) templomban, a nádor által építtetett Mindenszentek kápolnájának /nádorkápolna/ adományozott.
A török kiűzetése után az egyházközséget a győri egyházmegyéhez csatolták, amely a tatai plébánia filiája lett.
Ekkor református családok éltek itt, akik a Tiszántúlról települtek ide, ahol a Báthoriak alattvalói lehettek.
1730-ban Bél Mátyás monográfiájában az akkori baji templomról a következőket írta: "A torony alatt, amely a templomnál a bejáratnál emelkedik, valamelyik Báthorinak az emlékére vésett márványtábla látható."
1745-ben Balogh Ferenc uradalmi régens levelében ezt írta: "...oly szép épületű tornya pusztán tartatik..." Tehát állt egy templom a mai helyén, amelynek tornya a templomhajótól külön épült. Erről a templomról - főleg a tornyáról - feltételezhető, hogy még a török idők előtt létesült.
Ezt 1674-ig a reformátusok használták, amikor is a földesúr elvette tőlük és bezáratta, de a tatai plébánost arra kötelezte, hogy évente legalább 2-3 misét tartson benne.
Ez a templom a Szent Kereszt Felmagasztalása tiszteletére volt felszentelve, a Szent Kereszt ereklye máig megmaradt.
A tatai hívek minden évben - búcsújárásként - ünnepélyes körmenettel keresték fel.
1745-ben katolikus németek érkeztek Moson megyéből a községbe, az itt maradó reformátusok később áttértek katolikus hitre. A hívek lelki gondozását a tóvárosi kapucinus atyák végezték.
A régi templomot előbb restaurálták, majd 1763-ban lebontották és elkezdték Fellner Jakab tervei alapján mai templom építését, de csak két évig épült, mert 1765-ben már nem dolgoztak rajta. Az alapfalak készültek el, erre 586 Ft és 30 dénárt költöttek a templompénztárból.
A baji római katolikus iskola gróf Estérházi József országbíró idejére (1727-1748) vezethető vissza. Ez első iskola egytantermes, német iskola volt.
Az iskola mellé 1774-ben, nyers-téglából épült a "mester" háza mely "nagyon szűk".
Az elbontott templom miatt az istentiszteleteket egy nádfedeles, vályogból épült házban tartották. 1785-ben ebben kezdődött meg a rendszeres misézés.
Az első baji káplán P. Gabriel kapucinus atya volt. 1789-ben pedig Szerenka Pál tatai plébános már adminisztrátort rendszeresített, aki elkezdte a házassági és a halotti anyakönyvek vezetését. A kereszteléseket továbbra is Tatán végezték.
Az 1790-ben készült leltár gazdag templomfelszerelést és többek között két harangot is tartalmaz.
A már meglévő alapok felhasználásával Gött Antal tervei alapján 1792-ben folytatták a mai templom építését. Idézet a halotti anyakönyv függelékéből: "1793. december 12-én (más források szerint 1793 október 12.-n) az újonnan emelt baji templom első kövét letette Főtisztelendő Szerenka Pál kerületi főesperes-helyettes, tatai plébános úr. 1794. december 15-én az előbb említett főtisztelendő úr által, Fengler József győri püspök úr engedélyével , a templom a szerafikus (Assisi) Szent Ferenc tiszteletére felszenteltetett tekintettel arra a körülményre, hogy 1789-től fogva már a tóvárosi kapucinusok végezték a rendszeres lelkipásztorkodást.
Az előbb főtisztelendő úr költségén 1794-ben állíttatott fel a nagyobbik oltárt." Ebben az évben készült el a torony is.
1795-ben befejeződött az építkezés, amelyre a templompénztár 4843 Ft 79 dénárt költött. Ezt az összeget a hívek adományaiból, a templom jövedelméből és kölcsönökből fedezték. Az uradalom is hozzájárult az építkezéshez.
A toronysisakra a kettős keresztet 1806-ban helyezték el.
Az 1830-ik évi Vis. Can. már erőssen meghagyta az iskola mesternek, hogy az ifjúságot ne csak a német, hanem a magyar nyelvre is oktassa.
Az 1830-ik évi vizsgálat során az iskolaépület nem esett kifogás alá, azonképpen 1873-ban sem
A baji halotti anyakönyvek kezdete, és az új templom építésének előkészületei József császár idejével esnek össze. Ezért a jelenlegi, a falu végén elterülő, szabályos alakú egyházközségi temető is bizonyára ugyanazon időben keletkezett. 1833-ban már bővíteni kellett széltében és hosszában is 10 öllel. Pünkösd keddjén volt ezen új temetőrésznek a beszentelése. Ennek a temetőnek, egyszerű régi fakeresztje van, de az 1878- és 1888-ban hozzácsatolt részben már kőkereszt áll, 
mely 1899-ben Nagy Istvánné költségén készült.
1861-ben megalakult a máig működő Rózsafüzér Társulat Winterl Antal tatai plébános buzgolkodása folytán. (Tatán 165, Tóvárosban 91, Bajon 60 taggal.)
Az ekkor ezer főnél valamivel többet számláló községben a régi iskola 1894-ben fejlődött annyira, hogy 2-ik tanítót is alkalmazhatott. A második tanítólakást, a régi mellett. 1894-ben építette a község és 1908-ban pedig bővítette
"Akik ezen idő óta nevelkedtek, magyarul mind értenek, sokan pedig szépen beszélnek is."
Száz évig csak kisebb javításokat végeztek a templomon.
1895-ben hatóságilag bezárták, mivel a kórus felöli csehboltozat középen keresztben erősen megrepedt, megnyílott.
Ennek kijavítása és a templom nagyarányú felújítása 1907-ben kezdődött. Először vasalatokkal összefogták a hajó és a torony falait, kijavították a repedéseket, majd Lohr Ferenc tervei alapján kifestették a belső teret, ekkor készült a kupola Szentháromságot
és az evangélistákat ábrázoló freskója is. Alkotójuk Lohr Ferenc budapesti festőművész volt.
Új szobrok is elhelyezésre kerültek a felújítás során.
A belsejében megújult, valóban áhítatra hangoló templom megáldása 1907 október 13.-án történt ifj gróf Esterházy Ferenc jelenlétében.
A következő év nyarán, 1908-ban a külső tatarozást végezték el, majd a templombelső berendezései, a főoltár, csillárok, képek, szobrok, és egyéb apróságok újultak meg.
Az egész helyreállítás 3.606 korona, és 26 fillérbe került. A fizetés egyesült erővel történt.
A belső, és külső helyreállítás körül elévülhetetlen érdemeket szereztek maguknak Janisch Ferenc községi jegyző, és P. Horváth Antal baji adminisztrátor, aki a híveket lelkesítette és a gyűjtés keserve munkáját végezte
P. Frauenberger Szeverin adminisztrátor (1908-1911) szent sírral, áldoztató ráccsal, szobrokkal, és más szükségesekkel szerelte föl a templomot.
1904-ben Schunder Paul állíttatott kőkeresztet a templom előtt.
1908 nagybőjtjében került sor, az első több napos misszióra a templomunkban. Ezt követően még két alkalommal 1932-ben, és 1948-ban kerültek megrendezésre a missziós napok.
1913-ban Janisch Ferenc baji jegyző buzdítására, a község lemondott egy évi szénkutatási járulékáról s így a bajiak minden külön megadóztatás és gyűjtés nélkül, három szép új harangot, és pontos toronyórát szerethettek be. (Ebben az időben ritkaság számba ment, hogy az óra mind a négy irányból mutatta az időt.) A harangok összesen 2.926 koronába, míg a toronyóra 1.600 koronába került. Az új harangok szentelését Kutrovátz Ernő győri kanonok, fölszentelt püspök végezte bajon 1913 június 11.-n.
A következő évben, 1914-ben P. Veremund adminisztrátori tevékenységének köszönhetően vásárolták a fából faragott barokk keresztút dombormű táblaképeit. A keresztút 1.236 koronára rúgó költségeit a baji hívek adakozásából biztosították. A képek a dél-tiroli Sangtulrivh nevű községből származnak. A készítő cég, még ma is létezik, egy apáról, fiúr szálló vállalkozás formájában.
Az I. Világháború alatt két harangot vittek el, ezek pótlására 1922-ben két újat öntetett a község. A 83,5 cm átmérőjűt Seltenhofer Frigyes fiai öntötték Az 56 cm átmérőjű harangot Hilzer J. és társa, öntött
1922-ben a település bevezető főutcáján állandó út menti kőkereszt is emeltetett.
1924-ben került felállításra a temetői vas feszület.
1925-ben beszerelték a villanyvilágítást.
1928-ban a templom északi oldalán, az első világháborúban elesett 44 baji katona tiszteltére került felállításra a Hősök Emlékműve.
A Baj-i Római Katolikus Egyházközség 1931. május 10-én alakult meg, levált a tatai plébániától, aminek közel 250 évig fíliája volt. A hívek lelki gondozását továbbra is a kapucinus atyák végezték.
A II. világháború alatt két harangot vittek el.
1947-ben Gallina Ugod kapucinus atya Bajra költözésével helyben lakó plébánosa lett az egyházközségnek.
1971-ben Varga Ferenc plébános írányításával, elkezdődött a templom átfogó folyamatos felújítása, amely a külső tatarozással kezdődött. Kijavították a tetőt, megújult a külső homlokzat, új zsindelyfedést kapott a toronysisak. Ekkor az óra szerkezet is felújításra került
A szovjet katonák által a II. Világháború alatt tönkretett orgonát, melyet eredetileg 1910-ben a pécsi Angster József és Fia orgona- és harmónium- gyár Magyarszecsőd számára építette, 1973-ban teljes egészében újjáépült,
majd a belső világítást korszerűsítették, és villanyhajtásúvá tették a harangozást.
Ebben az időszakban a templom környezetét is rendezték. Ezen a parkosított területen található az I, és a II. világháborús emlékmű, és egy nagy kökereszt.
A községnek nem volt saját plébánia épülete, 1978-1981 között egyházközségi összefogással ez is megépült.
A templombelső teljes kifestését Antretter Jenő végezte 1984-ben. Még ebben az évben a szemben miséző oltár is felállításra került.
1986-ban Závori Zoltán szilsárkányi festőművész felújította a kupola freskóit, és megfestette a két csehboltozaton látható négy freskót, majd restaurálta a falakon függő képeket is.
1988-ban villamos sugárzófűtés került kialakításra a padsorokban.
A vörös márvány padozat 1987-1990 között készült el.
A stációk 1994-ben újultak meg.
Ebben az évben került a templom bejárata mellet felállításra a második világháború 48 baji áldozatának emlékműve.
2000-ben a régi toronyórát villanyhajtású, távvezérelt órára cserélte ki az önkormányzat. Ekkor újult meg a templomtető is, fedélszékét kijavították, és cserépfedéssel látták el. A temető fenntartását 99 évre a helyi önkormányzat vette át.
2006-ban a II. Világháborúban elvitt harmadik harangot közadakozásból pótolták. A 140 kg-os "E" hangú bronz harang Gombos Miklós őrbottyáni műhelyében készült.
Ezt követően került felújításra az automata harangvezérlő rendszer is.
2007-ben ismét helyben lakó plébánosa lett az egyházközségünknek Pozsgai Csaba atya személyében. Oldallagos plébániaként Szomód, és Dunaszentmiklós Egyházközségeket is ellátta.
2009 virágvasárnapjának délutánján, (az azóta hagyományossá vált Geistagi (Látó-hegyi) családi keresztút során) került felszentelésre a hegyi keresztút Minden stációt más-más család állított, és még ma is gondjukat viselik az építtető család, vagy utódaik.
A keresztút végén levő golgota csoportot az Egyházközség tagjaink adományaiból emelték.
2012-ben a templom teljes villamos hálózata felújításra kerül. Ezt követően vált lehetővé a padsorok "üllőfelületi" fűtésének kialakítása, és az elavult villamos sugárzófűtési rendszer leszerelése. Még ebben az évben telepítésre került az ének kivetítőrendszer.
2013-ban megkezdődtek a templom külső felújítási munkálatok, melyek kiterjednek a tetőeresz csatorna hálózat kiépítésére, és az alapfalak szivárgó-vízelvezetésének megvalósítására, továbbá a templom külső, teljes-körű színezésére. E munkálatokat Önkormányzati, és állami támogatásokkal kiegészítve az egyházközség saját forrásainak felhasználásával finanszírozta.
Ettől az évtől Smudla Tamás tatai plébános, és Végerbauer Richárd tatai káplán atya látta el a hívek lelki gondozását.
2014-pünkösdjére, a templom külső felújítási munkálatai befejeződtek.
2015-től Havassy Bálint László tatai plébános, és Végerbauer Richárd tatai káplán atya látja el a hívek lelki gondozását.
Ebben az évben került sor az évek során elöregedett toronysisak tetőszerkezetének felújítását célzó engedélyezési, és kivitelezési tervek elkészítése és az Örökségvédelmi engedélyeztetési eljárás megindítására.
2016-márciusában megkezdődtek a toronysisak teljes-körű felújításának munkálatai.
E nagyszabású munkálatok a 7.300.000,-Ft-os állami-, és 1.000.000,-Ft-os Önkormányzati támogatás nélkül nem valósulhattak volna meg.
A támogatási összegeket a Baji Római Katolikus Egyházközség híveinek 3.200.000,-Ft-os hozzájárulásával kiegészítve sikerült előteremteni a beruházás mint egy 11.500.000,-Ft-os költségét.
Március 11-n fél tíz órakor a több évszázada a tornyon nyugvó süveg a kovácsolt vas kereszttel le emelésre került a templomról.
Május 23.-n, a Győri Egyházmegye vértanú püspökének, Boldog Apor Vilmos emléknapján ismét a templom tornyon talált megszokott helyére a kétszáztíz éves kaovácsoltvas kereszt, és a teljesen újjáépített templom süveg.
Ez év augusztus 1.-től plébániánkat ismét a Tata Szent Imre plébániához (Kapucinus templom) csatolták.
Ettől az időpontól Kovács Csaba Albert a plébános, és Váradi Kristóf káplán látták el a hívek lelki gondozását.
2018, augusztus 1.-től Holpár István Balázs vette át a kápláni feladatokat.
2019, Virágvasárnapját megelőző héten megkezdődött a templom belső felújítása. A belső felújítási, festési munkálatok kiterjedtek az átázott vakolatrészek szárítóvakolattal történő cseréjére, és a templombelső falazatának teljes festési munkálatainak elvégzésére, és a padok faszerkezetű aljzatának cserjére.
A felújítási munkálatok idején átmenetileg a templomban nem lehetett szertartásokat tartani. Pünkösd ünnepére ismét tudta a híveket fogadni a templom. A teljes belső felújítás július végére zárult le.
A templombelső felújítási, és festési munkálatai, és a hozzá kapcsolódó kiegészítő költségek megközelítették a 20,5 millió forintot.
Ebből az összegből, a pályázati támogatás csaknem 15 millió forintot fedezett. A 2.000.000,-Ft-os Önkormányzati támogatás, és az Egyházközség 3.5 millió forint önerő fedezésével sikerült a felújítást finanszírozni.
Augusztus 1.-től Varga Gábor vette át a kápláni feladatokat
A fentebb leírtakra vonatkozóan több helyen is egymással nem teljessen harmonizáló információk álltak a rendelkezésre. Ezért, minden adat nem feltétlenül fedi teljes egészében a valóságot,
Forrásként Trompos Judit; és Kaintz József által öszegyűjtött adatok, az 1916-s kiadású "Mohl Adolf: Szenthelyek a tatai plébánia területén" kiadvány, és a honlap szerkesztőjének emlékei kerültek felhasználásra
